대한청년단의 예전 단장이었던 신성모는 한국전쟁 당시 국방장관이었다. 신성모는 1950년에 대한청년단의 단장 김윤근을 준장으로 임관시키는 동시에 국민방위군 사령관으로 임명한다. 이후 대한청년단 출신의 국민방위군 고위 장교들은 국고금과 군수물자를 착복하여 9만명 가량의 군인이 동사ㆍ아사ㆍ병사하였다.
1951년, 김윤근은 '국민방위군 사건'의 책임자로 총살당했고, 이 사건을 계기로 대한청년단의 입지가 약화되기 시작하였다.