낫토는 한국의 청국장과 유사한 일본의 발효식품이다. 일본의 식품규격에 따르면 낫토균(Bacillus subtilis var.natto)을 접종한 것만 낫토라고 할 수 있다. 낫토균은 고초균(Bacillus subtilis)의 일종이다. 원래는 볏짚에 싸서 만들었다. 한국의 식품규격에서는 청국장의 일종으로 간주한다.