조선 세조가 신병치료차 금강산을 유람하고, 수로로 한강을 따라 환궁하던 도중 양수리(兩水里)에서 밤을 지내게 되었는데 갑자기 종소리가 들려와 기이하게 여겨 다음날 조사해보니 운길산에 고찰(古刹)의 유지가 있다고 하여 가보았다. 그 바위굴 속에서 16나한을 발견했으며 굴속에서 물 떨어지는 소리가 암벽을 울려 종소리처럼 들린 것임을 알게 되어, 이곳에 돌계단을 쌓고 절을 지어 수종사(水鐘寺)라고 했다고 한다.
그 후 많은 유학자들과 다산 정약용, 추사 김정희, 초의선사 등이 운길산 수종사에 머물렀으며, 서거정은 ‘천하제일의 명당’으로 지칭했다.
이 절에는 현재 1439년(세종 21)에 세워진 정의옹주(貞懿翁主)의 부도가 있는 것으로 미루어 창건은 그 이전이며 세조연간에 크게 중창된 것으로 보고 있다.