북방계남방계론은 한민족·한국인이나 일본인의 기원에 대한 대중에게 알려진 설명이지만, 다소 유사과학 요소를 포함한 주장이다. 다만 한민족과 일본민족 모두 크게 2개의 집단이 주된 언어적, 문화적, 혈통적 영향을 끼쳤고, 그 외의 군소집단 또한 영향을 미친 것은 사실이다.
그러니 이들 조상을 어느 집단은 북쪽에서 왔다, 어느 집단은 남쪽에서 왔다고 분류할 수는 있겠지만, 어느 조상을 북방계로 분류할지, 어느 조상을 남방계로 분류할지도 다소 명확하지 않아 유사과학적이다.
유사과학적 요소
북방계남방계론을 설명하는 사람 상당수는 흔히, 외모상에서 특정한 계통의 비중이 강해 보인다는 것을 근거로 어떤 한국인은 특정 계통의 조상이 많을 것이라고 단정을 짓고, 사람의 성격과 연관을 짓고 있다.
이미 비슷한 문화로 통일된지 수십대의 세월이 지나 2000년 동안 그 사이에 큰 장벽 없이 사랑하는 사람 사이의 결합과 재생산이 이루어졌다. 외모 유전자 중에 특정한 계통이 많이 보인다고 해서, 우연적으로 외모 유전자에는 특정 대립 유전자가 더 많이 몰렸을 가능성이 더 큼에도, 굳이 외모와 특정한 성격을 연관시킨다는 점에서 유사과학적이다. 당연히 외모와 성격에 대한 과학적인 연구도 출판된 적이 없다.