'시흥캠퍼스'는 서울대학교 본부가 경기도 시흥시 내 배곧신도시에 건설하고자 하는 캠퍼스이다.
2017년 2월 현재, 서울대 학내의 가장 첨예한 이슈는 시흥캠퍼스 추진 문제이다. 2016년 8월 22일 서울대학교는 경기도 시흥시와 서울대학교 시흥캠퍼스 조성을 위한 실시협약을 체결한다. 이것은 기존의 양해각서와는 달리, 법적 구속력을 가지고 있다는 의미를 갖는다.
시흥캠퍼스 추진의 당위성으로 서울대학교 본부측은 '관악캠퍼스가 이미 포화상태에 이르렀다'고 말하고 있다. 성낙인 총장은 "시흥캠퍼스가 서울대학교 발전을 위한 새로운 연구 및 교육 기반시설이 되도록 최선을 다할 것"이며 "장기적으로 시흥캠퍼스는 서울대학교의 국제화에 부응하는 전초기지로서의 역할을 수행하리라 기대"한다고 말했다.
학생회에서는 시흥캠퍼스 추진에 비판적인 입장을 보이고 있다. 시흥캠퍼스 실시협약에 반대하는 학생들의 주요 논거는 '시흥캠퍼스 건립은 거대한 사업임에도 재원 조달 방법이 불투명하고, 대학기업화의 일환이며, 학생들의 반대를 묵살하고 비민주적으로 추진되었다'는 것이다.
시흥캠퍼스 실시협약 철회를 요구할 것인지, 실시협약을 받아들이고 학생들의 권한을 확보할 것인지를 두고 2016년 10월 10일 학생총회가 소집되어 '실시협약 철회 요구안'이 가결되었으며, 행동방안으로는 '행정관 점거'가 채택되어 장기간 행정관 점거 농성이 이어지고 있다.
2017년 2월 8일, 서울대 640명의 교수들은 '① 학생들은 점거를 해제할 것 ② 대학본부는 학생들의 요구에 귀를 기울일 것'을 골자로 한 호소문을 제출하였다.
2017년 2월 9일, 행정관 점거 농성의 향방을 놓고 전체학생대표자회의(전학대회)가 개최되었다. '본부점거본부'(농성에 참여 중인 학생들의 회의)에서는 점거를 계속하자는 안건을 발의했으나, 전학대회에서는 점거를 해제하자는 이견안도 발의되었다. 그러나 어느 안도 과반수의 득표를 얻는 데 실패하여 우선 '현상 유지'로 결정이 났다.
2017년 3월 11일, 점거 153일차가 되던 날 본부 측에서는 직원들을 소집하여 학생들이 점거 중인 행정관에 강행 진입하였다. 이에 학생과 본부 직원 사이에 물리적 충돌이 발생하였고, 학생들은 더 이상 점거를 지속하기 어렵다는 판단에 따라 점거를 해제하였다.
2017년 3월 13일에는 이에 항의하는 집회가 열려, 본부 앞에 1400명이 운집하였다. 이후 성낙인 총장의 퇴진을 촉구하는 자보 연서명이 발표되었다. 연서명 발의 측에 따르면 학부생 5000명과 대학원생 및 졸업생 1776명이 이에 참여하였다고 한다.