트랜스젠더와 병역은 트랜스젠더인 사람이 병역 이행을 원치 않을 때 어떻게 할지, 또 병역을 이행하고 싶을 때 이를 수용할지에 대한 문제를 말한다.
대한민국
징병검사 등급에서 음경결손은 5급, 고환결손은 5급이 되므로 여성화 성전환 수술을 받은 사람은 자의에 반해 군복무를 하지 않으며, 성전환 치료에 의해 고환이 위축되어도 이를 이유로 병역을 면제 받을 수 있다. 남성화 성전환 수술을 받은 트랜스남성도 5급이 된다.
또한 성별 불쾌감은 3급에서 5급까지를 받았으나, 2018년 9월 17일 병역판정검사 기준이 개정되어 4급에서 5급까지를 받으며, 이에 따라 병역판정검사에서 성별 불쾌감을 인정받으면 자의에 반해 현역병으로 끌려가지는 않는다.
현역 장교의 경우 성전환 수술을 받게 되면 음경결손, 고환결손 각각 심신장애 5급이 되어 전역심사 대상이 된다.
의료 목적의 사적 국외여행 허가를 받은 변희수 하사 (부사관)이 태국에서 여성화 성전환 수술을 받았으나, '고의로 심신장애를 초래한 경우' 본인의 계속복무 의사를 이유로 한 현역 복무는 할 수 없게 한 군인사법에 따라 강제 전역된 사건 이후 군복무를 희망하는 성전환자의 군복무에 대한 이슈가 불거졌다.
이후 심신장애가 있어도 직무 수행에 제약 없으면 본인이 계속복무를 원하지 않을지라도 의무복무기간동안 계속 복무하도록 결정할 수 있도록 시행령이 개정되면서, 설령 변희수 하사의 강제전역이 유효한 것으로 결론나더라도 제2의 변희수가 등장했을 때 계속 복무할지 강제전역될지는 알 수 없게 됐다.
변희수 하사는 강제 전역 이전에 성별정정 신청을 했으나, 전역한후 인사소청 신청 기간이 끝나기 전에 여성으로 성별이 정정되었다.